Клуб «Вольфсбург» основан 12 сентября 1945, после окончания Второй мировой, рабочими автомобильного концерна «Фольксваген», заводской командой которого остается по сей день. (Сам город Вольфсбург существует с 1938 года, построенный вокруг завода «Фольксваген»).

15 декабря 1945 в его команде остался лишь один игрок — Йозеф Мейер. Другие перебрались в «1 ФК Вольфсбург». Он вместе с Вилли Хилбертом занялся возрождением команды, приглашая даже людей, которые до того в футбол не играли.В 1946 команда добыла чемпионство Гирфорна (столицы Нижней Саксонии).

В 1954 команда «Вольфсбург» пробился в Оберлигу Норд, откуда без особых успехов вылетел в 1959. В 1970, заняв там во втором дивизионе второе место, «волки» поборолись за выход в Бундеслигу через переходные матчи, но неудачно.

В конце 80-х концерн «Фольксваген» увеличил финансирование клуба, что привело к улучшению результатов. В сезоне 1991/92 добыта путевка во вторую Бундеслигу. В 1995 «волки» выбрались в финал Кубка Германии, Геде уступили 0:3 «Боруссии» Менхенгладбах. В сезоне 1998/99 под руководством Вольфганга Вольфа клуб занял 6 место и выбрался в еврокубки, где имеет в таком себе активе поражение 0:3 от «Перуджи» в финале Кубке Интертото.

В 2007 клуб принял Феликс Магат, который устроил мощнейшую революцию в клубе и за полтора года сенсационно сделал его чемпионом, раскрыв множество талантов. Пара нападающих Джеко—Графите в чемпионском сезоне забила 54 гола (рекорд Германии). Финансовые разногласие привели расставанию с Магатом, и клуб вошел в штопор, едва не вылетев из Бундеслиги 1.