ФК «Кубань» создан в 1928 году как команда «Динамо» под патронатом НКВД Краснодара. Через 7 лет удалось принять участие в чемпионате СССР. В 1948 году «Динамо» приняло участие в первенстве РСФСР и выиграло предварительный раунд в Северо-Кавказской зоне. Финальный раунд был проведен на краснодарском стадионе «Динамо». Хозяева, ни разу не проиграв, дошли до финала, где 17 октября 1948 года обыграли команду из Молотова со счётом 4:0 —первое в истории кубанского футбола чемпионство РСФСР.

 

В 1953 году краснодарское «Динамо» было расформировано, но не исчезло, а перешло под патронат общества «Нефтяник», и продолжило представлять город в футбольной лиге класса «Б» в 1954 году.

 

В 1958 году команда поменяла ведомственную принадлежность, перейдя в новосозданное ДСО «Труд». Тогда и случилось первое переименование в «Кубань».

 

Через 2 года был переход в ДСО «Спартак» и соответственное переименование. В 1961 «Спартак» занял 1 место в финальном турнире победителей зон РСФСР, во 2-й раз став чемпионом РСФСР, и завоевал путевку в элиту отечественного футбола. Однако произошла реорганизация структуры первенства СССР и «Спартак» не был туда допущен.

 

В 1963 году команда вновь сменила название, теперь уже окончательно, на «Кубань» (хотя ведомственная принадлежность не изсенилась). В 1973 «Кубань» заняла 1 место в 3-й зоне 2-й лиги и через переходной турнир возвратилась в 1-ю лигу, мимоходом в 3-й раз в истории клуба взяв титул чемпиона РСФСР. Следующие 2 года «Кубань» боролась за выживание в 1-й лиге, пока в 1976 году всё-таки не покинула её. Возвратилась через год. В 1980 году «Кубань» дебютировала в Высшей лиге.

 

3 мая 1989 года «Кубань» одной из первых провинциальных российских команд получила право именоваться профессиональной. В независимом чемпионате южане оказались в высшей лиге, из которой она быстро вылетела. В 90-х довелось испробовать на вкус вторую российскую лигу. В 2000-х годах «Кубань» ухитрилась трижды вылететь из Премьер-лиги сразу после подъема, за что обзавелась прозвищем «команда-лифт».