Клуб «Аяччо» был основан в 1910 и оставался любительским до 1965. В первые 55 лет своего существования он играл только в местных соревнованиях острова Корсика. Зато сумел стать 8-кратным победителем чемпионата Корсики, являясь вместе с «Газелек Аяччо» и «СК Бастия» одним из трех китов островного футбола. Матчи между «Аяччо» и «Бастией» (корсиканское дерби) очень принципиальны и приводили к дракам между болельщиками еще в 1946.

С 1965, после получения профессионального статуса, клуб начал играть в Лиге 2. Уже в 1967 «Аяччо» выиграл второй дивизион и выбрался в элитную лигу страны, где продержался до 1973, в 1971 даже финишировав шестым.

Середина 70-х принесла банкротство. «Аяччо» вернулся на любительский уровень в корсиканскую лигу, где и просидел все 80-е. Лишь в сезоне 1994/95 команде удалось добыть путевку в Лигу 3. Через три года завоевано возвращение в Лигу 2. Во второй раз чемпионом Лиги 2 клуб стал в 2001, через три года после предыдущего повышения.

В Лиге 1 «Аяччо» провел четыре сезона в борьбе за выживание и в последнем из них, наконец, вылетел. В 2009 тренером был назначен Оливье Панталони. После двух сезонов борьбы за выживание в Лиге 2 он сумел выстрелить и вернуть команду в элитный дивизион.